Историческое развитие православия в Эстонии отражает сложное переплетение вопросов юрисдикции, исторической преемственности и церковной автономии, которое формировалось на протяжении веков под воздействием религиозных и геополитических изменений.

Митрополит Эстонской апостольской православной церкви (ЭАПЦ) Стефан недавно подчеркнул, что Эстонская православная церковь Московского патриархата (ЭПЦ МП) не может просто переименовать себя в "Эстонскую православную церковь". Это наименование, по его словам, исторически ассоциируется с ЭАПЦ, находящейся под юрисдикцией Вселенского Патриархата Константинополя, отношение к которому было подтверждено восстановлением Томоса в 1996 году Вселенским Патриархом Варфоломеем.

ЭАПЦ впервые получила свой Томос — церковный указ об автономии — от Вселенского Патриархата в 1923 году. В 1945 году Московский патриархат фактически распустил Эстонскую православную церковь, начав канонически незаконную деятельность на территории Эстонии. Восстановление своей деятельности ЭАПЦ провела в 1993 году после долгих лет сохранения своей преемственности в изгнании в период оккупации.

Митрополит Стефан также напомнил о прошлых попытках Москвы получить юрисдикцию над православными верующими в Балтийских странах. Однако, начиная с отказа Москвы в 1590 году и заканчивая отказами Вселенского Патриарха в 1710 и 1978 годах, подчеркивалась автономия и историческая принадлежность эстонских православных к Константинопольскому патриархату.

Недавнее предложение Митрополита Стефана ЭПЦ МП о создании русского викариата в рамках ЭАПЦ подчеркивает стремление к восстановлению канонической легитимности и разрешению продолжающегося конфликта. Однако, как отмечает митрополит, ответа от ЭПЦ МП пока не последовало.

На фоне этих событий церковный совет ЭПЦ МП принял решение об изменении устава церкви, исключив из него упоминания о Московском патриархате и подтвердив административную, экономическую и образовательную самостоятельность церкви, а также её независимость в гражданских делах. Эти изменения в уставе и переименование церкви вызывают вопросы о дальнейших перспективах православия в Эстонии и о том, как будут разрешаться юридические и канонические противоречия.